Pathway Annotation für Protein Profiling

Ziel ist die Entwicklung und Integration von Methoden zur funktionellen Pathway- Annotation von Proteinexpressionsdaten. Dabei soll aus Unterschieden in der Proteinexpression auf Unterschiede der Aktivität von Signatransduktionswegen geschlossen werden, um z.B. Biomarker zu identifizieren.
Wir benötigen eine benutzerfreundliche Methode zur Analyse unserer Daten, um
unseren Kunden visuell intuitive Informationen zu den von den Proteinänderungen betroffenen Signal Transduction Pathways zur Verfügung zu stellen. Eine sehr teure Lösung dafür wäre das Software Package Ingenuity; alternativ ist aber auch diverse Freeware verfügbar oder es besteht Raum für eigene Entwicklungen. Auf dieser oder anderen Tools basierend sollte ein Workflow zur Analyse von Proteindaten generiert werden, welcher nicht nur für uns von Interesse wäre, sondern auch für andere mit Protein Profiling befasste Gruppen in der internationalen Forschung.

Weitere Informationen

Hochschule

Hochschule Koblenz

Themensteller

Prof. Dr. Maik Kschischo

Bereich/Abteilung

AG Systembiologie, Bereich Biomathematik, Fachbereich Mathematik und Technik am RheinAhrCampus Remagen

Abschlussart

Bachelorarbeit / Masterarbeit / Diplomarbeit

Ansprechpartner/in

Name: Herr Maik Kschischo
E-Mail: kschischo@rheinahrcampus.de
Tel.: 02642932330

Branche

Informationstechnologie und -dienste

Anforderungen

Programmierkenntnisse in R
Grundkenntnisse im Bereich Machine Learning oder Statistik
Grundkenntnisse der Molekularbiologie und Zellbiologie

Zusatzinformationen

- von Vorteil sind weitere Programmierkenntnisse, aber nicht Bedingung
- wird zusammen mit einer Firma (wird hier nicht genannt, aber dann bekanntgegeben) durchgeführt
- Beschäftigung als wiss. Hilfkraft möglich
- kann je nach Anspruch sowohl zu einer BSc- als auch zu einer MSc-Arbeit ausgebaut werden. Bei Masterarbeit können auch eigene Algorithmen entwickelt werden
- eignet sich auch als Nebenjob für erfahrene Studenten im Masterstudium
- Kann auch von zuhause durchgeführt werden, wobei regelmäßige Besprechungen
in Remagen nötig sein werden

Sonstiges

Kann auch von zuhause durchgeführt werden

Leistungen

Werkstudentenstelle

› Beschäftigung als wiss. Hilfkraft möglich

Sonstiges

› Kann auch von zuhause durchgeführt werden